Lämpöputkilla on luonteeltaan joitain perusrajoituksia:
1. Lämmönsiirtokapasiteetin rajoitus:Lämpöputket eivät välttämättä sovellu suuritehoisiin sovelluksiin niiden rajallisen lämmönsiirtokyvyn vuoksi. Tällaiset olosuhteet saattavat vaatia lisäjäähdytysmekanismeja.
2. Suuntaherkkyys:Lämpöputket ovat herkkiä suunnalleen. Ne eivät ehkä toimi tehokkaasti, jos ne on sijoitettu väärin.
3. Ympäristötekijöiden herkkyys:Lämpöputket ovat myös erittäin herkkiä ympäristötekijöille, kuten paineelle ja lämpötilalle, jotka voivat vaikuttaa niiden suorituskykyyn.
4. Rajoitettu lämpötila-alue:Lämpöputkilla on rajoitettu lämpötila-alue, jolla ne toimivat tehokkaasti. Tämän alueen ulkopuolella niiden suorituskyky saattaa heikentyä.
5. Rajoitettu sydänlankarakenteen yhteensopivuus:Niiden käyttöä voi joissain olosuhteissa rajoittaa lämpöputkien kanssa toimivien sydänlankojen tyyppien rajoitusten vuoksi.
6. Valmistuksen monimutkaisuus:Lämpöputkia ei ehkä käytetä laajalti joillakin teollisuudenaloilla niiden valmistamisen vaikeuden vuoksi.